I.
Pendahuluan
Biokimia = logika melekul benda
hidup
Benda hidup à
tersusun atas molekul yang tidak bernyawa à tidak bertentangan dengan hokum fisika dan kimia
benda mati
Tetapi organism hidup punya sifat2 kusus yang tidak
diperlihatkan oleh benda mati
·
Sifat khusus benda hidup
-
Kompleks dan terorganisasi secara baik
-
Tiap komponen punya fungsi dan tujuan tertentu
-
Mempunyai kemampuan u/ mengekstrak, mengubah dan
mengggunakan enervi
-
Punya kemampuan mereplikasi diri secara tepat
Dipandang sbg inti dari keadaan hidup
·
Tujuan dasar ilmu biokimia
-
Menentukan bagaimana sekumpulan benda mati yang
menyusun organism hidup berinteraksi satu dengan yang lain untuk melangsungkan
& melangsungkan keadaan hidup
-
Perhatian utama = kkeingintahuan terhadap
kehidupan & organism hidup
·
Semua organism hidup mengandung makro molekul
organic yang dibangun sesuai dengan perencanaan berlaku umum
n
Kebanyakan komponen kima organism hidup adalah
shenyawa organic (C,H,O,N)
-
Tiap spesies organism punya sekumpulan protein
as.nukleat sendiri2 yang hamper semuanyan berbeda
·
Sel hidup memperoleh, menyimpan, mengangkut
energu dalam bentuk kimia terutama ATP (adenosine triphospate)
ATP= sebagai pembawa utama energy kimia
dalam sel semua spesies hidup
ATP adalah penyambunhan kimia diantara
sumber2 energi
·
Sel yang tumbuh secara serempak dapat
melangsungkan sintesa ribuan jenis molekul protein dan asam nukleat dalam
proprsi yang tepatà
menyusun protoplasma hidup yang fungsional, khas
·
Salah satu sifat sel yang Nampak adalah
kemampuannya u/ bereproduksi.
3 sifat yang utama mendasari dalam mempelajari
biokimia
1. Organism
hidup besifat kompleks
Semua informasi genetic semua sel terkandung dalam molekul tunggal DNA
2. Stabilita
iinformasi genetic didalam DNA (meski kadan mmolekul DNA dapat mengalami
sedikit perubahan / mutasi)
3. Informasi
genetic terjadi dalam bentuk linear 1 dimensi menjadi 3dimensi dari nukloetida
penyusun DNA
·
Molekul organic yang sangat bergeda tersebut
dapat disederhanakan karena ( molekul tersusun dari mikro molekul)
Mts = DNA ( deoxybonuleociacid) tersusun
atas nukleotida
·
Prinsip logika molekul keadaan hidup
1. Terdapat
suatu kesederhanaan mendasar dalam struktur mikromolekul biologi
2. Semua
organism hidup menggunakan molekul unit penyusun yang sama
3. Identitas
tiap spesies / organism dipertahankan oleh spesoes yang bersangkutan
4. Semua
biomolekul punya fungsi spesifik ddidalam sel
·
Organism hidup mempertukarkan energy dan senyawa
Organism hidup tunduk terhadap hokum fisis
yang mengatur pertukaran energy
Bentuk energy bernmanfaat yang dibutuhkan
oleh sel adalah energy bebas
-
Organism hidup membentuk dan mempertahankan
struktur fungsional yang kompleks dan teratur dengan menggunakan energy bebas
dari lingkungannya dan mengembalikan bentuk2 energi yang kuran bermanfaat ke
lingkungan tersebut
Molekul2 organik = lemah tidak tsabil, tidak tahan suhu tinggi/aliran
listrik kuat, keadaan terlalu asam/basa
-
Kebutuhan energy organism secara langsung/tidak
diberikan oleh matahari
·
Sel dapat berfungsi sebagi mesin kimia karena
ada ENZIM (katalisator yang menaikkan secara kimia spesifik tanpa ikut
bereaksi)
Enzim lebih efisien dibanding katalisator
buatan mesin karena,
1. Molekul
enzim lebih spesifik
2. Daya
katalisatornya lebih efisien
3. Dapat
berfungsi pada kondisis suhu dan konsentrasi ion hydrogen normal
II.
Sel
·
Reaksi2 biokimia = didalam ukuran yang kecil pada sel hidup/bagiannya dengan
dinding rapuh, tipis
Berlangsung didalam media cair, suhu tetap(relative rendah)
·
SEL = unit struktur dan funsional organism
Organism
terkecil terdiri dari sel tunggal
Sel
sangat berfariasi à
tapi menunjukkan kesamaan cirri struktur dasar
Ada2
kelas utama sel= prokaryotis dan eukaryotis
·
Sel terkecil, paling sederhana, paliing tua =
prokaryotis
Terdiri
dari berbagai kelas mikroorganisme tunggal (bakteri)
Sel
eukaryotis = berukuran lebih besar, kompleks, menunjukkan kisaran ragam dan
perbedaan Lebih luas
Merupakan
jenis sel yang ditemukan pada Janis hewan, tumbuhan dan jamur bersel banyak
Karyon= inti
·
PROKARYOTIS
-
Terdiri ± 3000 spesies bakteri, termasuk ganggan
hijau-biru(blue green algae / sianobakteri)
-
Sianobakteri = datpat berfotosintesa dan
menghasilakan oksigen (seperti tumbuhan tak tinggi)
-
Beberapa bakteri bersifat patogenik
-
Prokaryotis memegang peranan penting dalam
pertukaran biologi dari bahan dan energy di muka bumi
-
Cir penting = bereproduksi secar aseksual
sederhana
1. Ribosom
mengandung sa.ribonkleat dan sejumlah molekul protein à sintesa protein
Mempentuk poliribosom / polisom
2. Terdapat
granula = mengandun simpanan nutrient
3. Sitosol
= mengandung enzim, berbagai molekul pembangun yang bersifat sebagai precursor
makromolekul sel
Meskipun prokaryotis bersifat sederhana dan berukuran kecil dibanding
eukaryotis damun beberapa diaantaranya dapat melakukan aktifitas komplek contoh
fenomena kemotaksis
Beberapa spesies prokaryotis cenderung berkelompok / membentuk filament
·
Eukaryotis
-
Volume sel eukaryotis 1000-10.000 kakli volume
proakyotisan
-
Cirri utama punya inti sel yang baik, dikelilingi oleh membrane ganda
dan struktur internal kompleks
-
Dapat membelah secara aseksualàmitosis
-
Mengandung sejumlah organel internal yang
dikelilingi membrane dan mitokondria, reticulum endoplasma, badan gogli
-
Bentu kehidupan eukaryotis à
mampu melakukan diferensi dan spesialisasi secara luas dibanding prokrayotis
Struktur dan peranan bagian komponen sel eukaryotis
1. Inti
sel
-
Mengandung hamper semua DNA dari dalam sel
eukaryotis
-
Dikelilingi selubung inti, terdapat pori2 inti
-
Terdapat nucleusàRNA
-
Mengandung kromatin (terdiri dari DNA RNA
protein)
2. Mitokondria
-
Merupakan pabrik energy sel
-
Mengandung enzim2 yang mengkatalisa oksidasizat
organic oleh oksigen untuk menghasilkan CO2 & H2O
Membentuk ATP
3. Reticulum
endoplasmic
Saluran membentuk banyak lipatan dan belokan ke seluruh ruang sitoplasma
4. Badan
golgi
Menerima produk sel tertentu dari reticulum endop;asmik dan membawa produk
tersebut ke kantung pembuangan à
keluar sel à
di integrasikan ke dinding sel
5. Sitoplasma
Terdapat ribosom yang terdapat pada bentuk bebas
6. Sitosol
Mengandung berbagai ion mineral, K+ , Mg 2+ , Ca2+
Semua komponenya dijaga pada keadaan seimbang pada konsentrasi dan
proporso tetap, memaluli aktifitas berbagi proses transport pada membrane
plasma
Ciri kusus sel tanaman
-
Hamper semua sel tumbuhan mengandung plastid
-
Plastid yang nyata dan secara khas ada pada sel
tumbuhan hijau = khloroplas
Khloroplas à
pabrik tenaga matahari à
pada keadaan terang
Mitokondria à
pabrik tenaga kimia à
pada keadaan gelap
-
Plastid lain : leukoplas à tidak berwarna
Leukoplas untuk menyiram pati dan minyak
-
Terdapat vakuola à berisi cairan sel dan hasil buangan sel (sering
mengkristal)
-
Kebanyakan sel tumbuhan tak tiinggi dibungkus
oleh dinding sel yang bersifat sebagi pelindung yang baku
·
Virus
-
Merupakan susunan supra molekul yang bukan
merupakan kehidupan tapi terbentuk secara biologi à dapat membelah diri
pada sel induk yang sesuai
-
Terdiri dari asam molekul nukleat, yang
dikelilingi oleh kulit pelindung =CAPSID (terbuat dari molekul protein)
-
Ada2 bentuk
1. VIRION
à
berada di luar sel, merupakann partikel
tak hidup
2. VIRUS
à
berada dalam sel induk à
menjadi parasit intrasesular
-
Virus bersifat spesifik bagi jenis tertentu
induk
BAB 3
Komposisi benda hidup : biomolekul
·
Komposisi kimiawi benda hidup berbeda dengan
komposisi kimiawi bumi
·
Umumya unsure didalam benda hidup à
bila atom rendah, dan komposisinya tidak proporsionil
·
Unsure yang melimppah ( H,O,C,N ) à
99% massa sel
·
Kesimpulan sementara
-
Senyawa kimia yang mengandung karbon H,O,N à
telah terseleksi selama evolusi karena senyawa2 ini mempunyai kesesuain yang
unik bagi proses kehidupan
·
Kimiawi organism terorganisasi di sekitar unsure
karbon yang mencapai lebih dari ½ berat keringnya
·
Gugus fungsional biomolekul organic menentukan
sifat kumia
1 / lebih atom hydrogen pada hidrokarbon
dapat diganti bebagai jenis gugus fungsional
Contoh:
Alcohol à 1/ labih gugus hidroksil ; R-O-H
Amina à gugus amino, keton
Asam à gugus karboksil
-
Gugus fungsional bersifat kimiawi à
relative (mudah bereaksi)
Dapat
mengubah distribusi electron dan geometris atom2
-
Pada geomolekul dapat mengandung 1 atau lebih
gugus fungsional
-
Golongan utama biomolekul didalam sel adalah
biomolekul ukuran
Ada 4 bentuk ; protei, asam nuklleat, polisakarida, lipid
Protein – terbesar didalam mahlukhidup
-
Produk langsung dan efektor aksi gen didalam
semua bentuk kehidupan
-
Banyak yang punya aktiditas katalistik à
sebagai enzim
-
Ada yang berfungsi sebagi unsure steruktural
didalam sel dan jaringan
-
Menjalankan transport senyawa
-
Merupakan biomolekul yang paling sederhana
·
As. Nukleat à membentuk DNA,RNA
Fungsi = DNA,RNA secara universalè
berpartisipasi dalam penyimpanan, transmisi, translansi tranformasi genetic
DNA à informasi genetic repository
RNAà membantu proses translasiinformasi menjadi stiport
·
Polisakarida
1. (pati)
à
merupakan penyimpan bahan bakar penghasil energy
2. (selulosa)à
unsure structural pada bagian luar sel
·
Lipid à sebagai komponen structural membran
àsebagai
penyimpanbahan bakar kaya energy
Sifat umum ke 4 golongan tersebut
1. Punya
struktur yang relative besar
2. BM
naik à
sehingga disebut makromolekul
-
Makromolekul dibangun dari molekul unit
pembangun yang kecil
-
Protein semua spesies terbuat dari 20 jenis
as.amino à
tersusun linera dan membentuk rantai panjang
-
Protein dan asam nukleat à makromolekul
informasidan tiap protein dan tiap as nukleat mempunyai urutan pembangun yang
kaya informasiyang khas
KARBOHIDRA
Karbohidrat terdiri dari unsure C,H,O merupakan persenyawa organic ± ada
50 jenis yang tersapat pada sel
Fungsi karbohidrat
1. Sebagi
energy/tenaga
Pada manusia disimpan sebagai glikogen dalam otot dan hati
Pada tumbuhan disimpan sebagai pati
2. Sebagi
penyusun dinding sel dan membrane
Contoh : suklosa, kitin
3. Dalam
komponen seluler bertanggung jawab terhadap fungsi komponen tersebut dan
pertumbuhannya
Karbohidrat adalah senyawa organic
yang merupakan derivet polihidriksi aldehide polihidriksi keton yang mempunyai
rumus mol (CH2O)
Karbohidrat merupakan suatu
polemir yang tersusun atas minomir2
Berdasarkan jumlah minomir yang
menyusun polimer dapat digolongkan menjadi :
-
Disakarida
-
Trisakarida
-
Polisakarida
Unt mudahnya digolongkan :
1. Monosakarida
2. Oligosakarida
3.
Polisakarida
MONOSAKARIDA
Merupakan
karbohidrat yang paling sederhana, terdiri dari 1 unit kehidupan, tidak dapat
dipecah laagi i
Monosakaridaà
dasar jumlah atom C yang menyusun
Jumlah
atom C nama KH contoh
3 triosa gliseraldelide
4 tetrosa eritrosa
5 pentosa fruktosa
6 hektosa glukosa
7 heptosa sedoheptulosa
Monosakarida
ada 2 menurut gugus karbonil
-
Aldehide à aldosa : glukosa, gliseraldehide
-
Keton à ketosa :fruktosa
Isomeri
optis
Terjadi kalau bayangan cermin
dari suati persenyawa organic tidak dapat ditangkupkan
Gliseraldehide
mempunyai sifat optis aktif yaitu
Kemampuan senyawa organic untuk
memutarbidang sinar terpolarisasi kearah kanan/kiri
Sifat
optis aktifitas suatu senyawa ditentukan oleh adanya atom Cyang
asimetris(asimetri)
Atom
C asimetris adalah atom C yang ke 4 gugus yang diikkatnya tidak sama
Dengan
mengetahui jumlah atom C asimeris maka jumlah senyawa turunannya/derivetnya,
dapat ditentukan dengan rumus 2n
n= jumlah atom
C asimetri
missal:
2n = 21 = 2 yaitu D gliseraldehide
L
gliseraldehide
Untuk
mengetahu senyawa memutar kekanan/kekiri dimasukkan kea lat polimeter
Reaksi2 terhadap monosakarida
1. Gula
yang dapat mereduksi
Gula yang mengandung aldehide/gula yang mampu membuat hemi asetat,
ikatan disebut gula yang dapat mereduksi (reducing sugar). Gula tersebut dapat
diokksidasi dari reagen tollon (mengandung lart As <NH3> 2+)
atau latr benedict dan lart fehling
2. Pembentukan
ozason
Bila monosakarida di reaksikan dengan fenilhidrosena maka akan disebut
ozason
Mempunyai bentuk kristal tertentu yang terbentuk setelah mengalami
pemanasan dalam waktu tertentu
Pembuat ozason sering digunagan untuk mengidentifikasi monosakarida.
Dalam pembuatan ozasaon salah satu gugus hidroksi dari molekul monosakarida
dioksodasi baik aldosa maupun ketosa dapat membantu ozason
3. Reduksi
monosakarida
Moonosakarida dapat mereduksi mengahasilkan alcohol gula
4. Pembentukan
glikosida
Aldehide
Alcohol
à
hemiasetal + alcohol àglikosida
Glikosida merupakan senyawa organic yang penting
untuk tumbuhan. Glikosida larut dalam air. Dalam tumbuhan dengan glikosida maka
alcohol dapat dipindahkan melalui pembukuhh floem.
Glikosida dapat dengan mudah dihidrolisa dengan
suatu asam sehingga dilepaskan suatu alcohol yang disebut aglikon
Glukosa H+ aglikon
5. Pembentukan
enodiol
Terjadi bila glukosa manosa & fraktosa
dimasukksan dalam lart Ba (OH)2 yang jenuh maka terjadi lart enodiol
Peristiwa pembentukan enodiol terkenal transformasi
dari labri de bruyn von eckeustein
Disakarida
Terdiri dari 2 unit monosakarida yang terikat sati
ddengan yang lain dan billa dihidrolisis dengan as encer maka diperoleh 2
molekul monosakarida
Sukrosa. (gula tebu)
Molekul ini terdiri dari molekul glukosa yang
terikat dengan mollekul fruktosa melalui gugus hemiasetal masing2 (ikatan 1-4 )
à
Sifat sukrosa
-
Tidak mengalami mutarotasi
-
Tidak dapat dioksidasi oleh lart Cu++
dan Ag (NH3)2+
-
Hidroksa sukrosa berlangsung cepat dalam lart
asam
Laktosa (gula susu = milk sugar)
Terdiri dari glukosa dan galaktosa à 5
dalam air susu
Sifatnya
-
Laktosa mereduksi regen bnedict
-
Tak dapaat difermentasi oleh ragi
Maltose = gula pati (malt suga)
Tdpt dhu biji2 yang berkecambah tediri dari 2
molekul glukosa
Maltose yang merupakan unit penyusun pati
-
Mereduksi regen benedict
-
Dapat difermentasi dengan ragi
-
Bila dihidrolisa menghasilkan 2 molekul glukosa
Selloboisa
Ini sama dengan maltose hanya bedanya glukosanya
yang satu ( terdiri dari 2 mollekul glukosa)merupakan unit penyusun sellullose
Sifat
-
Dapat mereduksi reagen benedict
POLISAKARIDA
Ppolisakarida merupaka karbohidrat majemuk yang tersusun oleh banyak molekul
monosakarida. Polisakarida mempunyai biomolekul yang besar
-
Umumnya tidak mempunyai rasa manis
-
Tidak larut dalam air dalam lart kimia akan
menbuat lart kolloideal
Monosakarida à polisakarida pembentuknya berupa
-
Pentose
-
Hexosa banyak di alam disebut hesosan / glukosan
-
Pentose + hexosa
Rumus umum polisakarida (C+6+H+10+O+%)x
X
; menunjukkan banyaknya jumlah heksosa
Yang termasuk polisakarida adalah
-
Pati
-
Dekstrin
-
Glikogen
-
Selulosa
Pati
(starch)
Dari segi nutrisi pati merupaka polisakarida yang
penting dan dalam tubuh tanaman merupakan bahan cadangan makanan. Dalam pati
unit glukosa di ikat dg ikatan 1-4 untuk membuat unit maltose
Pati à poli maltose
àpoli
amylosa
àpoliamylopektin
Amylosa
terdiri dari
-
Unit maltose tidak bercabang (1-4)
-
Dengan lart yor àwarna biru
Amylopektin
-
Terdiri dari rantai unit maltose (1-4) yang
bercabang
-
Percabangan 1,6x
-
Dengan yod à warna merah, ungu
-
Terdapat 12-15 unit meltosa atau 24-30 unit
glukosa
pati yang dialam
-
10-20% amylosa
-
80-90% amylopektin
Sifat dari pati
-
Tidak dapat mereduksi reagen benedict
-
Tidak dapat difermentasi oleh ragi
-
Bila pati dihidrolisa oleh asam/emzim maka pati
akan terpecah menjadi semyawa antara (terdiri dari beberapa senyawa glukosa)
Hasil hidrogsa
akhir berupa glukosa
Pati + yod à
biru (yang digunakan untuk melacak hidrolisa pati)
Dekstrin
Banyak dijumpai pada biji2 yang sedanh berkecambah juga
merupaka senyawa dalam hidrolisa pati
Jenisnya yaitu
-
Erithrio
-
Akhroo
Dekstrin terdiri dari rantai amylosa yang tidak bercabang
Sifat erithro
-
Merupakan rasa manis
-
Larut dalam air
-
Senyawa lebih kompleks
Dekstrin banyak digunakan dalan industry lem karena bila
dekstrin + air maka sifatnya menjadi lekat
Glikogen
Merupakan bahan makanan berupa karbohidrat yang
tersimpan dalan jaringan tubuh hewan sehingga sering disebut pati hewan/animal
starch
Glikogen dalam jaringan tubuh dijumpai dalam hati,
jaringan otak
Sifatnya ;
-
Larut dalam air
-
Tidak mereduksi lart benedict
-
Bila ditambah yod à warna meerah keunguan
Sellulosa
Merupakan polisakarida yang terdapat pada bangunan
penunjang dari tanaman sellulosa tersusun dari rantai lurus polimer glukosa
yang strukturnya mirip dengan amylosa
Unit penyusunnya adalah sellobiosa (1,4B) (4000-4500
unit)
Sifatnya :
-
Tidak larut dalam air
-
Tidak mereduksi regen benedict
-
Tidak dapat dipecah/dihidrolisa oleh enzimm yang
terjadi dalam saluran pencernaan
Dalam tubuh
manusia tidak dapat dicerna yang bias ruminantia (karena adanya jasad remik)
Poisakarida campuran
Termasuk/digolongkan :
-
Heparin
-
As. Hyaluromat (Hyaluronik acid)
-
Chondriotin sulfat
Heparin
Merupakan polisakarida yang mempunyai sifat menghalangi
pembekuan darah, mempunyai zat anti koagulen
Asam hyaluromat
Merupakan polisakarida yang terdapat pada tubuh hewan
tak tinggi dan merupakan komponen yang penting dari jaringan pengikat
Fungsinya untuk melekatkan
Dilihat dari strukturnya merupakan rangkaian unit dari
as. Glukornat dan N. ashit D. glucosamine dengan ikatan 1,3
Sifatnya
-
Mempunyai viskositas yang tinggi
-
Biokimia jutaan
Conriotin sulfat (khondriotin)
Terdapat pad jaringan tulang rawan pada hewan mamalia
Strukturnya :
D. as glukoronat & glukotosamine sulfat
Ikatan 1,3